En el Torneo Verano 2000; Benjamín Galindo sale del equipo ante la falta de juego, Pachuca inicio irregular al perder contra Monterrey donde se suscita un problema entre Ignacio González y un recoge balones, luego de un mal torneo se obtienen 17 puntos y no califica convirtiéndose en el tercer equipo en la historia del fútbol mexicano en no calificar como campeón defensor. En el torneo de invierno inicio con un mal paso por lo que en la fecha 6 era candidato para ser despedido. En el Torneo Invierno 2000, Pachuca ya superando el mal torneo anterior se refuerza con hombres como Francisco Gabriel de Anda, Pedro Pineda, Miguel Calero, el brasileño José Simval; mejoro sus números ubicándose en ese momento en cuarto lugar de 18 equipos con 28 puntos producto de 8 triunfos, 4 empates y 5 derrotas, con 24 goles a favor por 18 en contra, accedió a la liguilla donde encontró a Morelia una vez más y fueron eliminados al empatar 0-0 el de ida y caer de locales 1-2 con anotaciones de Carlos Pavón que salió lesionado, al final del encuentro varios aficionados locales furiosos arremetieron contra los árbitros agrediéndolos, por lo que la comisión disciplinaria veto con un juego el estadio Hidalgo.

Con un juego equilibrado y precavido se realizó un torneo aceptable de 26 puntos ubicado en séptimo lugar, accedió a su primera liguilla en la historia contra Monarcas Morelia en la reclasificación perdiendo el de ida 4-2, los dos goles de Pablo Gómez, Para el de vuelta el estadio Hidalgo lució lleno esperando avanzar, Caballero marco el primero de dos al minuto 8, Morelia decide defenderse y entonces el gol no llegaba, pero agónicamente en tiempo de compensación Marcelino Bernal conecta un envió de tiro de esquina para empatar el global 4-4 y acceder a cuartos de final. El 6 de diciembre, disputó los octavos de final contra Marruecos y quedó eliminada de la competición después de perder en la tanda de penaltis por un contundente 3-0 tras empatar a cero al final de los 120 minutos de juego. Cabe destacar que España era el conjunto más joven que acudía a la competición de los 16 equipos participantes, con 25,47 años de media. Empezó su carrera en el Club Atlético Atlanta para luego desembocar en el equipo «xeneize», integrando sus filas durante un total de 10 años y obteniendo la cifra de 5 títulos ganados con esa institución. Durante los dos años siguientes, la selección húngara siguió jugando muy bien y ganando casi todos sus partidos.

Una vez concluido el Torneo Verano 2001, Javier Aguirre sale de la organización pues fue nombrado entrenador de la Selección de fútbol de México, su lugar es cubierto por Alfredo Tena para el inicio del Invierno 2001. Tena pidió de refuerzos al argentino Walter Silvani, el paraguayo Hugo Brizuela, Marco Sánchez y Jaime Correa. En la liguilla enfrentó al Atlante en cuartos derrotando 3-2 global (1-2 ida y 0-1 vuelta), la semifinal contra Toluca el de ida 2-2 donde previo al juego se homenajeó a Gabriel Caballero y de manos del presidente del club, Jesús Martínez recibió su carta de naturalización como mexicano, en la vuelta en la bombonera los tuzos sorprenden y eliminan con un 4-2 con actuación destacada de Walter Silvani, y llega a su segunda final consecutiva, ahora frente a Tigres de la UANL, la ida fue para Pachuca por 2-0 con goles de Silvani y Santana. Inició de nuevo contra el campeón América la fecha 1 con derrota de 0-3 e hilvanó 7 jornadas consecutivas sin ganar, hasta que derrotó de visitante 4-2 a San Luis; dos fechas más derrota 2-0 a Necaxa y las últimas 9 fechas solo rescató 5 puntos de 27 posibles, quedándose entonces en el último lugar general con 15 puntos; los delanteros más rentables fueron Juan Arango con 5 goles y Sergio Santana con 6. Entre cosas curiosas esta temporada Miguel Calero marcó un gol (en remate de cabeza con todo y gorra) para salvar un empate a 3 contra Chiapas en la fecha 2, y Walter Silvani que fue el referente del gol un año atrás esta campaña entre lesiones y bajas de juego solo marcó dos veces, camisetas de futbol 2024 motivo por el cual fue dado de baja.

En la Jornada 1 se inició con un triunfo de 3-5 ante el Toluca como visitante. A finales del año 2021 se crea el Trofeo Dulcinea como su hominino del masculino el Trofeo Cervantes. En el año 2013 obtuvo una de las invitaciones para participar nuevamente en la cuarta categoría, en donde se mantuvo hasta la edición 2017, tras lo cual la categoría se disolvió. Datos hasta antes del inicio del torneo. En el Torneo Clausura 2004, con la salida de Adolfo Bautista a Guadalajara, como única novedad, en el torneo evidentemente se desmejoró al conseguir 26 puntos, ubicándose como 8.o lugar; enfrentó a Cruz Azul en reclasificación y perdió ambos duelos 1-2 la ida y 0-2 la vuelta. En el juego de ida Pachuca toma ventaja de 2-0 con anotaciones de Pablo Gómez que tuvo una buena noche, en la vuelta en el estadio Jalisco Atlas solo pudo anotar uno y no le alcanzó para eliminar a los de Hidalgo. Hay dos formas de que el balón regrese a estar en juego. En la vuelta primero Pachuca enfrentó un escenario hostil en el estadio Universitario, los locales se fueron al frente con gol de Jesús Olalde al 32’, entonces era cuestión de tiempo para que los Tigres empataran pues dominaron el partido, entonces Silvani que había pasado el juego inadvertido recibió un balón desde la defensa que bajo con el pecho y de bote pronto lo conectó desde el medio campo sorprendiendo a Óscar Dautt para sellar el campeonato empatando el juego 1-1 y poniendo la cifra global de 3-1, Silvani fue el mejor jugador y obtuvo el goleo de esa liguilla con 6 tantos.