En 1950 fue uno de los siete equipos fundadores de la Segunda División, sin embargo desaparece por segunda ocasión al finalizar la campaña 1951-52. En 1960 con la iniciativa de un grupo de aficionados, y apoyados por el señor Germán Corona del Rosal, se funda de forma permanente la actual franquicia del Club de Fútbol Pachuca. Candía dirigió todo el torneo con estos números: 30 jugados, 8 triunfos, 8 empates y 14 derrotas con 37 goles a favor por 52 en contra, para 24 unidades y el lugar 12 de 16 equipos. La misión era eludir el descenso donde el equipo Hidalguense era favorito para caer y libró esta batalla contra otros equipos como Celaya, Monterrey y Puebla que descendió al final, en la temporada Pachuca aseguro su estancia al empatar 0-0 contra Atlante en la jornada 16 en el estadio Azteca donde un peculiar fenómeno se dio con más de 25 mil hidalguenses presentes que animaron al Pachuca que fungió como local administrativo pues Atlante no generaba entradas de esa índole. En la jornada 17, el Córdoba se vengó con una victoria en su estadio por (2-0). Con esta derrota, el Granada estaba en penúltima posición con tan solo 13 puntos y con Caparrós cada vez más cuestionado.

El 14 de septiembre después de 3 partidos fuera, disputaría su primer partido en casa contra el Rayo Vallecano, el partido terminaría con victoria rayista por 0-1. Tras perder por 1-0 contra el Real Valladolid destituyen a Leo Franco como entrenador, el equipo marchaba último con 5 puntos de 24. El resto de la temporada el equipo circula en puestos de descenso teniendo opciones matemáticas de salvación hasta la jornada 36 que tras perder 2-6 contra Valencia CF el equipo desciende a Segunda División. En 1972-1973 viene una desmejora y con tres técnicos primero Renato Rufo, Hugo Cheix y finalmente Jesús del Muro no pueden hacer nada por impedir el descenso consiguiendo estos números: 34 juegos, 9 triunfos, 6 empates, 19 derrotas, 40 goles a favor por 68 en contra para 24 puntos quedando en último lugar, entonces enfrentó la liguilla por el no descenso junto a Laguna, Torreón y Zacatepec, los Tuzos no pudieron ganar ninguno de los 4 juegos, primero Torreón lo derrota 3-1 global, (0-0 la ida y 3-1 la vuelta) así ante Zacatepec enfrentó la final con ambos duelos en el estadio Azteca perdiendo 1-0 global, así el 23 de junio de 1973 descienden a Segunda División oficialmente.

Al siguiente año, Pachuca nuevamente llegaría hasta la final contra Cobras de Querétaro, pierde el primer juego en La Corregidora 1-0; en la vuelta los tuzos ganaban pero el árbitro Antonio R. Márquez señalo penal polémico a favor de las Cobras que marcaron para aventajar 2-1, los Tuzos no pudieron empatar; el juego finalizó con la derrota, lo que enfureció la afición local que ocasiono disturbios en las afueras del estadio y en zonas aledañas, además fueron agredidos futbolistas de Cobras, ante lo que consideraron un robo. Nuevamente en 1990-91 llegarían hasta la final contra Atlante; empatando el juego de ida 2-2, el de vuelta 0-0 y el tercer juego disputado en el Estadio Cuauhtémoc de Puebla el 17 de junio, 0-0, los Tuzos caerían en penales 9-8, Tejeda fallo en la última tanda y Félix Fernández anotó para que los «potros» regresaran inmediatamente a la máxima división, cabe destacar que se cobraron 22 penales. En 1994-1995 consigue el súper liderato con 46 puntos producto de 18 triunfos, 10 empates y 10 derrotas, y una ofensiva destacada de 58 goles, llegan hasta la final contra los Toros del Atlético Celaya, camiseta futbol 2024 quienes vencen al equipo hidalguense 1-0 con anotación de Amarildo Soarez en tiempo extra en el estadio Hidalgo.

Para el Torneo Verano 1997 se refuerza con el defensa Guillermo Rivarola y José Luis Villareal sin embargo no llegan los resultados para evitar el descenso, así es destituido José Yudicca y entra Andrés Fassi para la fecha 9 consiguiendo un dramático empate ante Morelia entonces rivales directos en el descenso, camiseta de futbol no se mejora y con una derrota ante Atlético Celaya de 3-2 el 20 de abril en el Hidalgo se consuma su descenso. Pachuca se despide de primera con un triunfo ante Veracruz por 3-2 el 4 de mayo de 1997. Al final del torneo Lorenzo Sáez se proclama campeón de goleo individual con 12 anotaciones y lo comparte con Gabriel Caballero de Santos. La de 1941 fue la primera edición de la Copa de España en la que la clasificación de los participantes se hizo a partir de su posición en el campeonato liguero. A pesar de su veteranía, Jacques Songo’o debutó esta temporada en la Primera División de España logrando el Trofeo del Diario Marca al portero menos goleado del campeonato.