La cantera de Rayados exportó la mayoría de sus futbolistas a clubes como Atlético Morelia y Cancún FC, ante ello a finales de abril y principios de mayo de 2021 comienzan a surgir rumores de que Rayados crearía un equipo filial, «repatriando» a la mayoría de los futbolistas jóvenes cedidos en otros equipos del fútbol mexicano para que puedan jugar con este equipo, y posteriormente, camisetas de futbol en el primer equipo. En el Invierno 2001 el equipo de Saltillo Soccer se mudan a la ciudad fronteriza y Cobras renació, como filial y dependiente de los Rayados de Monterrey. En 1995, Jorge Lankenau Rocha, propietario del club Monterrey, adquirió la franquicia de los Halcones de Aguascalientes, uno de los equipos fundadores de la Primera División ‘A’, tras este movimiento se creó el Saltillo Soccer para participar en la división de plata del fútbol mexicano. El 5 de diciembre de 2016 Enrique Bonilla, presidente de la Primera División de México, anunció la creación de una liga profesional para mujeres. El equipo milito en la Segunda División y Primera ‘A’ del fútbol mexicano. La categoría Territorial Primera División (oficialmente Primera División Territorial de la Federación Vizcaína de Fútbol) es la octava en Vizcaya, en el País Vasco.

El equipo jugó 3 torneos más en la división de plata con malos resultados hasta que al terminar el Clausura 2005 el equipo desapareció por deudas y en su lugar aparecieron de los Indios de Ciudad Juárez. Menos victorias en un torneo: 2 victorias en 19 jornadas (Clausura 2004). Excepto el Prode 85 con 1 victoria en 8 jornadas. El gol 2,500 fue obra de Aldo de Nigris el 18 de febrero de 2009 durante el torneo Clausura 2009 en la jornada 6, anotando el tercer gol de la victoria 3-0 ante Club Necaxa. Su debut en la liga se da el 28 de julio en el Estadio BBVA dentro de la Jornada 1, ante Cancún FC, el resultado es la derrota 1:2, donde se puede destacar que el primer gol del club fue obra del canterano rayado Daniel Lajud al minuto 20′ de partido con un golazo, después de pegarle desde el límite del área. El equipo tuvo su debut el 3 de mayo de 2017 en un partido de la Copa de la Liga MX Femenil 2017, se enfrentaron ante las águilas del América con resultado final de 6-0 a favor de las de coapa. El gol 500 lo anotó Ricardo Escamilla el 16 de febrero de 1969 en la victoria sobre el Guadalajara 5-2 que clasificó al equipo a la final de la Copa México.

La participación en la Copa Libertadores se reflejó en el Campeonato Colombiano, debido a que el Unión Magdalena finalizó último de la reclasificación (puesto 14 con 38 puntos). El primer partido se saldó con un contundente 5-1 a favor de un Real Unión que a pesar de realizar un juego vistoso mostró mayor eficacia. Su segundo partido fue contra Tigres, en la primera edición del Clásico Regiomontano Femenil. El mejor torneo del equipo fue el Clausura 2023, en ese certamen Raya2 consiguió finalizar la fase regular en séptimo lugar con 24 puntos, por lo que clasificó al repechaje por primera vez en su historia. El partido se llevó a cabo en el Signal Iduna Park, de la ciudad de Dortmund, y se presentó como el más complicado para el conjunto germánico dentro de la fase de grupos, que luego de noventa minutos de incesable pelea, encontró el gol gracias a Oliver Neuville en tiempo de descuento de la segunda parte. Este y un partido de vuelta en Ankara fueron los únicos partidos internacionales de la URSS reconocidos oficialmente antes a los Juegos Olímpicos de 1952, aunque disputó varios amistosos no oficiales contra Turquía en la década de 1930. Las Olimpiadas de 1952 fue el primer torneo competitivo que participó la URSS.

Como consecuencia de esta decisión, además de las pérdidas económicas que generaba este equipo, la directiva del Club de Fútbol Monterrey decidió eliminarlo para enfocarse en la nueva escuadra Sub-23 del club, por lo que el 23 de mayo de 2023 se anunció el final del proyecto Raya2 Expansión. Dentro de los objetivos de la Liga de Expansión está la culminación de desarrollo de futbolistas juveniles en la categoría Sub-23. En mayo de 2023 la Asamblea de Dueños de la Liga MX aprobó la reforma de la segunda categoría del fútbol mexicano, con la cual todos los equipos participantes del máximo circuito deberán contar con un equipo Sub-23 en la Liga de Expansión, la cual será fusionada con la Liga MX Sub-20 para dar forma a una nueva liga para futbolistas de la categoría Sub-23. En 1999 la empresa FEMSA tomó el control de los equipos de Monterrey y Saltillo después de que Jorge Lankenau comenzara a tener problemas legales y los clubes fueran intervenidos por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público.

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