En Los Cármenes, después de un gran recibimiento de la afición, el conjunto granadinista salió decidido por la remontada, aunque no pudo hacer ningún gol hasta la segunda parte, donde llegó a ponerse 2-0, futbol camisetas tras los goles de Carlos Fernández y de Germán Sánchez. Por su parte, para las vistas de Londres, París, Países Bajos, Hamburgo, etc., se basó en fotografías de libros, revistas, postales y similares. Las dos décadas siguientes son las más difíciles de la historia del club económicamente y en éxitos deportivos pese a tener buenas temporadas en el ámbito local y copas internacionales. Se mantuvo durante 8 temporadas en la máxima categoría con suerte dispar, en general peleando por la permanencia en los puestos bajos de la tabla: su mejor actuación durante esa época fue en la temporada 2007-08, obteniendo el vicecampeonato del Torneo Apertura conjuntamente con Danubio (en la temporada completa consiguió el 5.º puesto, lo que le permitió poder disputar la Liguilla Pre-Libertadores de América de ese año, pero no logró acceder a competencia internacional). En el Finalización vuelve a clasificar a los play-offs, esta vez como cuarto clasificado; en cuartos de final elimina a Envigado FC por penales y en semifinal cae por penales ante Junior, quien a la postre sería el campeón de ese torneo, lo que privó al equipo azul de volver a la Copa Libertadores.
En el campeonato 2000 es cuarto en el Apertura, como en el Finalización y en la tabla acumulada del año es quinto con 69 puntos, los mismos que el Deportes Tolima que queda cuarto, queda fuera del cuadrangular final por diferencia de partidos ganados. Con la dirección de Juan Carlos Osorio en el Apertura 2007 luego de una buena campaña Millonarios clasifica en cuarto lugar y entra a semifinales donde lucha hasta el último partido del grupo donde cae frente al Atlético Huila que le quita el pase a la final. El País (Málaga: Grupo PRISA). De esta forma se consolidó para la última fecha de los cuadrangulares como el único equipo del grupo que depende de sus mismos resultados para clasificar a la final. Allí, de forma sorpresiva, comenzó a tener buenos resultados, venciendo dos veces al Deportivo Pasto, una vez al Unión Magdalena y empatando con Deportivo Cali de visitante.
En el tercer punto de la eliminatoria, Rafa esta vez sí pudo participar en el partido de dobles junto a Marc López, venciendo a la pareja india formada por Saketh Myneni y Leander Paes por 4-6, 7-6, 6-4 y 6-4, asegurando de esta forma el ascenso de España al Grupo Mundial. Con la dificultad adicional de estar disputando simultáneamente la semifinal de la Copa Sudamericana 2012, Millonarios llegó a la primera posición en el grupo A de los cuadrangulares después de derrotar al Deportes Tolima como local y como visitante y al Deportivo Pasto como local. Para el Finalización tras perder 2-1 con el Cúcuta Deportivo en la fecha 7, es nombrado como entrenador Juan Carlos Osorio, que gana 5 partidos consecutivos quedando octavo y clasificando de nuevo a cuadrangulares, donde juega en el grupo de Atlético Huila, Independiente Medellín y Cúcuta Deportivo, terminaría tercero perdiendo el pase a la final en la última fecha contra el Medellín. La situación se repitió para el Torneo Finalización, ya que bajo el mando de Óscar Héctor Quintabani, Millonarios se quedó por fuera de los cuadrangulares semifinales, igualando en 28 puntos con el octavo lugar, quien era el Deportivo Cali, pero con un gol menos.
En la penúltima fecha marchaba octavo en la tabla, pero en el último partido empató 1-1 con el América, y con la victoria del Junior 2-1 ante Deportes Tolima se quedó afuera de los cuadrangulares. En el 2001 Millonarios gana la Copa Merconorte al derrotar en penales 3-1 a Emelec en Guayaquil luego de empatar 1-1 en los dos juegos de la final consiguiendo el primer título oficial después de 12 años de sequía y su primer título en torneo internacional organizado por la Conmebol. Sin Alejandro Brand (lesionado), pero con Willington Ortiz, Jaime Morón, El goleador Juan José Irigoyen y Daniel Onega en la delantera, venció a Atlético Nacional en Medellín por 2:0, a Santa Fe en el clásico por 1:0, empató con Atlético Nacional 1:1 en Bogotá y en ambos juegos con Deportivo Cali 0:0 y 1:1, para llegar a definir todo el 20 de diciembre en la última fecha del torneo en el derbi capitalino. Terminado el primer tiempo, serigrafia camisetas valencia Millonarios perdía 0-1 en Barranquilla y Nacional era el campeón ganando 1-0 en Bogotá. Los Embajadores llegaban empatados en 23.50 puntos con Nacional pero con mejor diferencia de goles a favor. La vuelta de la eliminatoria de Copa 2013-14 se disputó el 18 de diciembre en el Estadio Santiago Bernabéu, finalizando con un resultado de 2-0 para el Real Madrid, con goles de Illarramendi y Di María.